超声波的效果可受到多种因素的影响，这些因素常见的有：超声波的频率，强度，照射时间，媒质的性质，细菌的浓度等。
1医用超声波清洗机超声波的频率
在一定的频率范围内，超声波频率高，能量大，则杀菌效果好；反之，低频率效果较差。但频率太高则不易产生空化作用，杀菌效果反而不好。
2超声波的强度
利用高强度超声波照射菌液，由于液体的对流作用，整个容器中的细菌都能被破碎。据报道，当驱动功率为50W时，容器底部的振幅为10.5微米，对含有大肠杆菌的水50ml作用10--15min后，细菌100%破碎。驱动功率增加，作用时间减少.

3照射时间和细菌液浓度
医用超声波清洗机超声波清洗的效果与其照射时间成正比，照射时间越长清洗效果越好。照射时间相同时，菌液浓度高的比低的效果差，但差别不是很大。
4盛菌液容器的长短
从理论上说容器长以相当于波长之半的倍数为***好。
5菌液容量
随着被照菌液的容量增大，菌被破坏的百分数降低，此外被照菌液中出现驻波时，细菌聚集在波节处在该处的细菌承受的机械张力不大，破碎率也***低。
6媒质
一般微生物被洗去附着的物后对超声波更为敏感。另外，钙离子的存在，ph的降低也能提高其敏感性。

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