内镜清洗工作站充分清洗是医疗器械再处理过程中消毒和灭菌前的无比重要的一环，而“洗”是“消”的根本。在患者的内镜检查中患者候诊室、诊断室、内镜清洗工作站、内窥镜储藏室设置在内窥镜室，以便于保证内镜的清洁程度及预清洗、清洗消毒处理，其中消毒剂的正确使用是保证清洗洁净程度的保证，清洗剂类型或者浓度选择使用不当会影响后期内镜消毒的质量，造成严重后果。
所使用的各种清洗剂，有酶类、碱类和酸类几种。
内镜清洗工作站采用酶类清洗剂，可以快速清除医疗器械上的污染物，能抗物理、化学吸附、抗静电抗沉淀，而这类清洁剂还分为单酶和多酶，这是其在化学原理上的结构区分，单酶清洗剂只含有一种酶，能分解蛋白污物，而多酶清洗剂可能含糖酶、蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶等，对于医療器械来说能起到清洗和酶解双重作用且不会造成伤害，无腐蚀性。然而在清洗使用中酶的作用效果受其品牌、种类、水温、浓度和更换时间的影响，所以酶类清洗剂应该现配现用，稀释后即使不用时间长了也要更换。

还有碱性清洗剂，凡pH ≥ 7.5的碱性清洗剂都会油脂类污染有较强的去除能力，对金属腐蚀性小，然而这类清洗剂用在内镜清洗工作站比较少，因为碱性物质会对软式内镜精密部分造成侵蚀导致硬化，影响使用寿命。但是对于其它如骨科、腹腔手术和产科手术等含有大量脂肪污染的器械清洗中有良好的作用。因此内镜清洗工作站用清洗剂以酶类为多，同时会联合除锈剂提高清洗合格率。所谓除锈剂就是我们上面说的酸性清洗剂，pH 值≤ 6.5，对锈渍和水垢有较好的溶解去除作用。酸性清洗剂是通过氧化还原原理与锈渍和水垢产生化学反应，使污物变成溶入水的物质，不会对器械本身产生损伤和腐蚀，酶类清洗剂与酸性清洗剂共同使用可使内镜清洗合格率达到98％。

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